পরোয়াভুক্ত আসামিদের মধ্যে রয়েছেন সাবেক স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী মহিউদ্দিন খান আলমগীর, গনজাগরণ মঞ্চের মুখপাত্র ইমরান এইচ সরকার, সাবেক আইজিপি হাসান মাহমুদ খন্দকার এবং বেনজির আহমদ। এছাড়া, অন্য মামলায় কারাগারে থাকা সাবেক স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী শামসুল হক টুকু, সাবেক আইজিপি শহিদুল হক, সাবেক সেনা কর্মকর্তা জিয়াউল আহসান এবং সাবেক পুলিশ কর্মকর্তা মোল্লা নজরুল ইসলামকে গ্রেপ্তার দেখানোর নির্দেশ দেওয়া হয়েছে।

আদালত আগামী ১২ মে তদন্ত প্রতিবেদন জমা দেওয়ার জন্যও নির্দেশ দিয়েছেন।

গত ২৭ নভেম্বর হেফাজতে ইসলাম শেখ হাসিনাসহ ৫০ জনকে আসামি করে ট্রাইব্যুনালের প্রসিকিউশনে অভিযোগ দাখিল করে। অভিযোগে সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা, আওয়ামী লীগের সাধারণ সম্পাদক ওবায়দুল কাদের, সাবেক মন্ত্রী রাশেদ খান মেনন, ঢাকা দক্ষিণ সিটি করপোরেশনের সাবেক মেয়র শেখ ফজলে নূর তাপস, সাবেক মন্ত্রী হাছান মাহমুদ, সাবেক এমপি হাজী সেলিম, সাবেক প্রধানমন্ত্রীর উপদেষ্টা সালমান এফ রহমান, নারায়ণগঞ্জের সাবেক এমপি শামীম ওসমান, সাবেক প্রধানমন্ত্রীর উপদেষ্টা তারিক আহমেদ সিদ্দিকী, সাবেক আইজিপি এ কে এম শহীদুল হক, সাবেক আইজিপি বেনজীর আহমেদ, র‍্যাবের সাবেক অতিরিক্ত মহাপরিচালক জিয়াউল আহমেদ, ডিএমপির অতিরিক্ত কমিশনার (ডিবি) হারুন অর রশীদ, ডিএমপির সাবেক উপকমিশনার বিপ্লব কুমার সরকার, একাত্তরের ঘাতক দালাল নির্মূল কমিটির সভাপতি শাহরিয়ার কবির, নির্মূল কমিটির সদস্য অধ্যাপক মুনতাসির মামুন, আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের সাবেক প্রসিকিউটর তুরিন আফরোজ, গণজাগরণ মঞ্চের আহ্বায়ক ইমরান এইচ সরকার, একাত্তর টিভির সাবেক সিইও মোজাম্মেল হক বাবু, সময় টিভির সাবেক ব্যবস্থাপনা পরিচালক ও সিইও আহমেদ জোবায়ের, এবিনিউজ২৪ ডটকমের সম্পাদক সুভাস সিংহ রায়, সাবেক প্রধানমন্ত্রীর প্রেস সচিব নাইমুল ইসলাম খান, সাবেক সেনাপ্রধান আজিজ আহমেদ এবং এনএসআইয়ের মো. মনজুর আহমেদকে আসামি করা হয়েছে।

মামলায় বাদীর অভিযোগ, ১৩ দফা দাবিতে ২০১৩ সালের ৫ মে হেফাজতে ইসলাম মতিঝিলের শাপলা চত্বরে অবস্থান নেয়। আসামিরা পরস্পর যোগসাজশে রাত ১১টার দিকে বিদ্যুৎ লাইন বন্ধ করে দেন। এরপর শাপলা চত্বরে আইনশৃঙ্খলা রক্ষাকারী বাহিনী অভিযান চালিয়ে মাদরাসা ছাত্র ও পথচারীদের ওপর গণহত্যা চালায়। পরে লাশ সিটি করপোরেশনের গাড়িতে করে নিয়ে গুম করা হয়। নিহত ব্যক্তিদের পরিবার থানায় মামলা করতে গেলে তা নেয়া হয়নি।